組合会は、各市村議会において選出された富士吉田市上吉田３名、同下吉田３名、同明見３名、山中湖村３名、忍野村（忍草区）３名の、あわせて１５名の議員により構成されます。　組合会議員は、一市二村の代表であると同時に、旧１１か村入会住民を代表し、恩賜林の保護と、入会に関する事務を共同処弁するという組合の任務達成のため、主に議決機関として支えます。定例会は３月、６月、９月、１２月の年に４回開催され、必要に応じて臨時会が別に招集されます。　また、組合会には、円滑な組合運営のため、林務委員会、演習地対策委員会、財務委員会の各常任委員会があり、議員はいずれかの委員会に所属し、その担当分野で審議や調査活動などを行います。